Las organizaciones no gubernamentales (ONG) belgas están activas en el Perú desde hace mucho tiempo. En total son 15 ONG belgas que reciben apoyo del gobierno belga y que están presentes en el Perú.

En Perú el aporte importante de esa cooperación bilateral indirecta se sitúa en el fortalecimiento del proceso de democratización a través del apoyo a la sociedad civil, en el  respeto a los derechos humanos fortaleciendo las estructuras sociales, en la seguridad alimentaria fortaleciendo los sistemas integrales de producción agrícola, etc.

El objetivo del Programa es el fortalecimiento cualitativo y cuantitativo de las capacidades de enseñanza y de investigación de la colectividad de instituciones socias, tanto universitarias como científicas, en el Perú.

En el Perú existen 3 programas de cooperación con Universidades e instituciones científicas: