La cooperación belga con el Perú empezó en 1965 cuando las autoridades belgas y peruanas firmaron el primer Acuerdo de Cooperación Técnica y Científica. Sin embargo, algunas décadas antes las ONG y universidades belgas ya estaban desarrollando actividades en el Perú. 

La ley relacionada a la Cooperación Internacional belga de 1999 incluyo a Perú dentro del listado de los 18 países socios de Bélgica en el tema de cooperación al desarrollo.  Del continente latino americano también se incluyo a Bolivia y Ecuador.

Bélgica financia diversas formas de cooperación en el Perú:

• Los programas gubernamentales, acordados entre los gobiernos del Perú y de Bélgica;
• Las acciones no gubernamentales de ONG y asociaciones belgas y peruanas;
• Los micro-proyectos para organizaciones y comunidades locales;
• Las becas y la cooperación universitaria;  
• Los aportes a los programas multilaterales;
• El apoyo al sector privado.

En todos los programas se presta atención a los grupos de población más pobres y más desfavorecidos y se concentra la ayuda geográficamente afín de no dispersar y duplicar esfuerzos

Las distintas formas de cooperación se componen de donaciones no reembolsables con excepción del apoyo al sector privado.